شناسایی عفونت SARS-CoV-2 و ویژگیهای ژنتیکی مبتنی بر جامعه - شهر نیویورک ، مارس 2020

دنا بوشمن ، MSN ، 1،2 در ساعت ؛ کارن A. Alroy ، DVM1،2 ، شارون K. Greene ، Ph.D. 1 ؛ Keating Ye ، MSPH1 ، آماندا وانیش 1 ؛ Don Weiss ، MD1 ؛ Preeti Pathela ، DrPH1 ، دکتر کریستی هریسون 3 ؛ جنیفر راکمن ، دکترای 3 ؛ گیل لنگلی ، MD4 ، دکتر تانگ سوکسیانگ 4 ، دکتر یینگ تائو 4 ؛ آنا اوهارا ، دکترای 4 ، دکتر کریستا کوین 4 ؛ کلینتون آر. Paden ، Ph.D. 4؛ Wendy Szymczak، Ph.D. 5؛ Erika P. Orner، Ph.D. 5؛ Priya Nori، MD5، 6؛ Phi A. LAI، Ph.D. 7 Jessica L. Jacobson، Ph.D. 8 ؛ Harjot K. Singh ، MD 9 ؛ David P. Calfee ، MD 9 ؛ Lars F. West Blade ، Ph. 9 ، 10 Ljiljana V. Vasovic، MD 10؛ Jacob H. Rand، MD، 10 Dr. Liu Dakai 11؛ Vishnu Singh 11؛ Janice Burns، MSN 11؛ Nishant Prasad، MD11؛ CDC New Coronary Pneumonia Pressure Pressure Laboratory؛ Jessica Cel، speed 1 (مشاهده وابستگی نویسنده)


پیشنهادات و نقل قول ها



خلاصه

در مورد این موضوع چه می دانیم؟



برای محدود کردن معرفی SARS-CoV-2 ، ایالات متحده به ترتیب سفرهای خود را از چین و اروپا در 2 فوریه و 13 مارس 2020 محدود کرد. از 15 مارس ، ارتباطات جامعه به طور گسترده ای در شهر نیویورک (نیویورک) انجام شده است.



این گزارش چه چیزی اضافه می کند؟



وزارت بهداشت و بهداشت روانی نیویورک نظارت دقیق بر علائم شبه آنفلوانزا (ILS) را انجام داد و توالی ژنتیکی را برای تعیین ویژگی های انتقال جامعه و تعیین منبع جغرافیایی SARS-CoV-2 انجام داد. از 544 نمونه با ILS و تست آنفلوانزا منفی ، 36 مورد (6.6٪) مثبت بودند. نمونه های مثبت توالی ژن نزدیک ترین نمونه به توالی های در گردش در اروپا هستند.



چه تاثیری بر عملکرد بهداشت عمومی دارد؟



ایجاد مشارکت با امکانات بهداشتی و درمانی و ایجاد یک سیستم نظارت نگهبان با قابلیت توالی یابی ژن ها قبل از شیوع می تواند اطلاعاتی را برای استراتژی های به موقع پاسخگویی بهداشت عمومی فراهم کند.



سیستم متریک Alt:

نقل قول:

نظر:

مرور برابر است با مرور صفحه بعلاوه بارگیری PDF



به منظور محدود کردن معرفی ویروس sars-cov-2 که باعث ویروس کرونا می شود (پنومونی تاج جدید) ، ایالات متحده سفر از چین به اروپا را در 2 فوریه و 13 مارس 2020 محدود کرد. برای تعیین اینکه آیا SARS-cov-2 به صورت محلی قابل تشخیص است ، وزارت بهداشت و بهداشت روان نیویورک (DOHMH) از 1 تا 20 مارس نظارت شفافی را در 6 اتاق اورژانس بیمارستان نیویورک انجام داد. در 8 مارس ، اگرچه آزمایش برای SARS-CoV-2 هنوز محدود بود ، DOHMH اعلام کرد که انتقال جامعه ادامه دارد 1). در این زمان ، 26 نفر از ساکنان نیویورک پنومونی کرونر جدید را تأیید کرده اند. اگرچه گردش ویروس آنفلوانزا کاهش یافته است ، تعداد مراجعه به ED برای بیماری های شبه آنفلوانزا افزایش یافته است. † در هفته دوم ، 15 مارس ، از 56 بیمار (13٪) با سابقه مواجهه شناخته شده ، فقط 7 نفر در خارج از نیویورک در معرض SARS-CoV-2 قرار گرفتند ، و سطح انتقال از ادامه انتقال جامعه به گسترش یک جامعه گسترده (2). از طریق نظارت نگهبان از 1 تا 20 مارس ، DOHMH 544 نمونه از بیماران با علائم شبه آنفلوانزا (IL) را جمع آوری کرد. HWHO آزمایش آنفلوانزا و سایر عوامل بیماری زای تنفسی را منفی کرده است. llهمه 544 نمونه از نظر SARS-CoV-2 در CDC مورد آزمایش قرار گرفتند و 36 مورد مثبت (6.6٪) بود. از طریق توالی ژنتیکی ، CDC تعیین کرد که توالی اکثر نمونه های مثبت SARS-CoV-2 همان است نمونه های منتشر شده در اروپا شباهت نشان می دهد که SARS-CoV-2 ممکن است از اروپا ، سایر مکان های ایالات متحده و از نیویورک معرفی شود. این یافته ها نشان می دهد که مشارکت با امکانات بهداشتی و توسعه سیستم های مورد نیاز برای اجرای سریع نظارت نگهبان ، همراه با توانایی تعیین توالی ژن ها قبل از شیوع ، می تواند به تدوین به موقع استراتژی های مهار و کاهش کمک کند.



DOHMH از 1 تا 20 مارس 2020 نمونه سواب باقی مانده نازوفارنکس را از بیماران ILS جمع آوری کرد و تشخیص و ارزیابی ویروسی را در 6 EDS نگهبان انجام داد. از ترس اینکه مسافران از چین ممکن است sars-cov-2 را معرفی کنند ، پنج چاپگر الکترونیکی انتخاب شد زیرا تعداد زیادی توسط بیمارانی که در کد پستی 20 ≥ کاربران چینی خود شناسایی دارند استفاده می شود. ** دو چاپگر در منهتن ، دو مورد در کوئینز ، یکی در بروکلین و دیگری در برانکس است. نمونه های منجمد پس از جمع آوری 48 ساعت پس از جمع آوری به DOHMH بازگردانده شدند و نمونه های منجمد 1 هفته پس از جمع آوری آزاد شدند. نمونه های جمع آوری شده از 1 تا 9 مارس از بیماران در سنین مختلف بود. همانطور که درباره عفونت SARS-CoV-2 در کودکان اطلاعات کمی در دست است ، DOHMH از 10 تا 20 مارس فقط نمونه هایی را از کودکان زیر 18 سال جمع آوری کرد.



نمونه ها در تاریخ 23 مارس 2020 به مرکز کنترل و پیشگیری از بیماری ها ارسال شدند و از فناوری واکنش زنجیره ای پلیمراز معکوس رونویسی معکوس 2019-nCoV (RT-PCR) برای تشخیص SARS-CoV-2 استفاده شد. استخرهای حداکثر 5 نمونه به طور مشترک مورد آزمایش قرار گرفتند و یک نمونه از نمونه های مثبت یا نامطمئن دوباره آزمایش شد. سپس ، اسید نوکلئیک از نمونه های مثبت rt-PCR استخراج و تحت توالی یابی نانوپور آکسفورد قرار گرفت و توالی کامل ژنوم با استفاده از روش شرح داده شده در بالا تولید شد. 3) خط لوله فشار نزدیک برای روابط فیلوژنتیک (4) ، شامل 36 نمونه نگهبان مثبت SARS-CoV-2 و توالی های کل ژنوم انتخاب شده توسط ابتکار جهانی به اشتراک گذاری داده های آنفلوآنزا (GISAID) از اول آوریل سال 2020 (5). این پروژه توسط DOHMH و CDC به عنوان یک نظارت بهداشت عمومی غیر تحقیقاتی تعیین شد. بنابراین ، تأیید هیئت بررسی نهادی هر آژانس لازم نیست.



با توجه به محدود بودن در دسترس بودن آزمایشات ، و به منظور درک بهتر شیوع عفونت SARS-CoV-2 ، در غیاب داده های شیوع جمعیت نیویورک ، DOHMH تعداد عفونت های SARS-CoV-2 را که یافت نشد محاسبه کرد در هر هفته در جمعیت هدف. تعداد تخمینی افراد DOHMH تخمین می زند که جمعیت هفتگی هفتگی به عنوان افرادی تعریف شود که در مرکز آموزش نیویورک مورد ارزیابی قرار گرفتند و از نظر ILS آنفلوانزا منفی شدند (در بعضی موارد ، این امر در مورد سایر عوامل بیماری زای تنفسی نیز صادق است). با استفاده از داده های پایش سندرم ED ، تعداد بازرسی های ED برای ILS در شهر و از طریق ED نگهبان بدست آمد. هر ED sentinel حجم آزمایش هفتگی آنفلوآنزا و نتایج DOHMH را فراهم می کند. برای محاسبه میزان تخمین زده شده sars-cov-2 در جمعیت هدف از ابزار تخمین زده شده شیوع واقعی استفاده کنید. 3. قسمت دوم: با فرض اینکه حساسیت تشخیص SARS-CoV-2 RT-PCR 85٪ (دامنه 75٪ -95٪) باشد ، ویژگی 99٪ است و نتایج با استفاده از نرم افزار آماری R (نسخه 3.6) است. 3 ؛ بنیاد R) انجام تجزیه و تحلیل.



در طی دوره 1 تا 20 مارس ، ما 544 نمونه از شش مجموعه داده نگهبان (جدول) را جمع آوری کردیم. 36 مورد مثبت SARS-CoV-2 (6/6 درصد) ، 425 مورد (5/2 درصد) در همه گروه های سنی و 14 مورد (11/8 درصد) در 119 مورد زیر 18 سال وجود داشت. از 36 نمونه مثبت SARS-CoV-2 ، 32 مورد (89٪) طی 2 روز از 8 تا 10 مارس و 17 تا 19 مارس شناسایی شد (شکل).



تخمین زده می شود که میزان شیوع SARS-CoV-2 در تمام گروه های سنی در جمعیت هدف 0.3٪ در هفته اول مارس و 11.3٪ در هفته 8 مارس باشد. SARS-CoV-2 در هدف یافت نمی شود جمعیت هر هفته تعداد موارد آلوده به ترتیب 15 و 1170 مورد تخمین زده می شود (جدول). تخمین زده می شود که شیوع SARS-CoV-2 در میان بیماران زیر 18 سال در جمعیت مورد نظر 2.0٪ در هفته 8 مارس و 17.7٪ در هفته 15 مارس بوده است. تعداد SARS-CoV-2 عفونت هایی که در جمعیت هدف هر هفته یافت نشد به ترتیب 103 نفر و 227 نفر بودند (جدول). در هفته های بین 1 مارس و 8 مارس ، به ترتیب 26 و 1917 مورد تایید شده از پنومونی کرونر جدید در افراد با سنین مختلف در نیویورک وجود دارد. در هفته های 8 و 15 مارس ، 42 و 457 مورد تایید شده از پنومونی کرونر جدید در نیویورک ، به ترتیب ، زیر 18 سال وجود دارد (جدول).



یک توالی ژنوم کامل از 36 نمونه مثبت SARS-CoV-2 تکثیر شد. همه توالی ها به سه گروه تعیین شده خودسرانه (A ، B و C) تعلق دارند (شکل تکمیلی ، https://stacks.cdc.gov/ view / cdc / 90347).) دو توالی NYC در گروه A جمع شده و توالی های موجود عمدتا مربوط به مواردی است که توسط بیماران در ایالات متحده تشخیص داده می شود. بیشتر این بیماران از ایالت واشنگتن و همچنین توالی های دیگر از نیویورک هستند. 7 سکانس در گروه B خوشه ای است ، از جمله سکانس های اولیه موجود در چین و سایر سکانس های جهانی و همچنین سکانس های دیگر از نیویورک. 27 دنباله باقیمانده نزدیک ترین گروه به مجموعه دنباله های نیویورک در گروه C هستند ، دسته دوم تحت سلطه توالی های یافت شده در اروپا و آمریکای شمالی هستند.



بحث و گفتگو

از 5 تا 14 مارس ، هنگامی که مقامات بهداشت عمومی در سانتا کلارا ، کالیفرنیا نمونه های مراقبت از بیماران ILS را در نیویورک جمع آوری کردند ، متوجه شدند که میزان شیوع SARS-CoV-2 11٪ است. این نمونه ها از چهار اورژانس نگهبان جمع آوری شده است مراقبت از بیماران در تمام سنین با استفاده از نقطه از نظر آنفلوانزا منفی بود. 6 علاوه بر این ، 5.3٪ از مسافران یا مسافرینی که به عنوان بیماری خفیف مانند آنفولانزا در یک مرکز پزشکی در لس آنجلس ارزیابی شده اند ، از نظر آزمایش sars-cov-2 مثبت بودند. 7) هر دو شهرستان سانتا کلارا و لس آنجلس روشهای نظارتی صحیحی را انتخاب کرده اند ، از جمله جمع آوری اطلاعات مربوط به سن ، جنسیت و سابقه سفر بیمار ، در حالی که شهر نیویورک روشهای ناشناخته ای را در پیش گرفته است. بنابراین ، تفاوت در روش های نمونه گیری و جمعیت ، مقایسه مستقیم را محدود می کند ؛ با این حال ، می توان در شناخت روش های مختلف انجام نظارت بر نگهبان ، ارزش یافت.



در هفته های 8 مارس تا 15 مارس ، تعداد موارد تأیید شده ذات الریه کرونر جدید در میان افراد زیر 18 سال در منطقه نیویورک افزایش یافته است. در این دوره ، DOHMH تخمین می زند که شیوع و موارد کشف نشده ذات الریه کرونر در افراد زیر 18 سال با ILS و نتایج آزمایش منفی آنفلوانزا افزایش یافته است. این افزایش های گزارش شده و تخمینی نشان می دهد که نیاز به بررسی بیشتر نقش کودکان در ارتباطات جامعه و تأثیر احتمالی تعطیلی مدارس به عنوان یک استراتژی تخفیف وجود دارد.



این سکانس در 2 مارس 2020 (اولین نمونه نگهبان مثبت جمع آوری شده) با توالی های اولیه اروپایی و آمریکایی (گروه B) جمع شده و با توالی های چینی جمع شده است. هیچ دنباله نگهبان مستقیمی با توالی از ووهان ، چین ، جایی که اپیدمی در آنجا رخ داده است ، وجود ندارد. این غیرمنتظره است ، زیرا بیشتر ED های نگهبان توسط بیمارانی که در کد پستی زندگی می کنند استفاده می شود و درصد بالایی از چینی زبانان وجود دارد. برعکس ، تجزیه و تحلیل توالی ها نشان داد که SARS-CoV-2 ممکن است از اروپا ، سایر مناطق ایالات متحده و نیویورک وارد شود. در 2 فوریه ، چین بازرسی فرودگاه داخلی و ممنوعیت خروج خارجی ها از کشور را اجرا کرد ؛ * با این حال ، مسافرت های مشابه در منطقه شینگن در اروپا محدودیت ها تا 13 مارس اجرا نشد. ††† اگرچه محدودیت های سفر یک استراتژی مهم کاهش است ، اما واردات و انتقال SARS-CoV-2 به جامعه قبلاً هنگام اعمال محدودیت ها در اروپا در نیویورک اتفاق افتاده بود.



طبق محاسبات انجام شده از جمعیت مورد نظر ، بسیاری از عفونت های SARS-CoV-2 احتمالاً در طول دوره نظارت در نیویورک قابل شناسایی نیستند. گسترش استانداردهای آزمایش در ابتدای اپیدمی شامل هر گونه تماس مسافرتی و بیماران کورکورانه بدون تشخیص جایگزین ، تعداد موارد شناسایی شده از طریق نظارت غیرفعال را افزایش می دهد. قابلیت های محدود آزمایش و استانداردهای دقیق آزمایش منجر به عدم شناسایی بسیاری از موارد پنومونی کرونر ، کاهش توانایی DOHMH در استفاده از نظارت برای تصمیم گیری به موقع در مورد بهداشت عمومی و در نهایت کمک به ادامه انتقال جامعه می شود. 1)



یافته های این گزارش حداقل تحت شش محدودیت است. اول ، روش های نظارت نامشخص نمی توانند اطلاعات اپیدمیولوژیکی ، از جمله داده های شناسایی شخصی ، اطلاعات جمعیت شناختی ، سابقه سفر و تماس و ED نگهبان خاص را برای پشتیبانی از تفسیر پیوندهای ژنتیکی بین نمونه ها یا بررسی بیشتر خوشه ها جمع آوری کنند. دوم ، تغییر در استانداردهای صلاحیت سنی در طول دوره نظارت ، مقایسه چندین هفته را محدود می کند. سوم ، روش تجمع آزمایشگاهی ممکن است نمونه هایی با بار ویروسی کم را رقیق کرده و منجر به نتایج منفی کاذب شود. چهارم ، تعداد کمی از بیماران تحت آزمایش منجر به عدم اطمینان زیادی در شیوع تخمین زده شده SARS-CoV-2 و تعداد موارد کشف نشده از پنومونی کرونر جدید در جمعیت هدف شده است. پنجم ، برای برآورد تعداد افراد آلوده ای که به دنبال مراقبت پزشکی نبوده اند ، سرشماری تا پایان همه گیر تکمیل نشده است ، بنابراین نمی توان از این داده ها برای تخمین شیوع عفونت در جمعیت عمومی نیویورک استفاده کرد. سرانجام ، تعصبات بالقوه نگهبان و جمعیت انتخابی بر کلیت این یافته ها تأثیر می گذارد.



نظارت بر پایگاه و تعیین توالی ژن ، اگر در اوایل پس از ظهور یا ظهور مجدد یک بیماری جدید ارائه شود ، می تواند استراتژی های واکنش بهداشت عمومی را هدایت کند. DOHMH از مراجع قضایی می خواهد تا از زیرساخت های موجود یا جدید برای ایجاد نظارت بر نگهبانی و تعیین توالی نمونه ها برای آماده سازی برای شیوع بعدی COVID-19 و شیوع آینده استفاده کنند.



با تشکر

جیلیان استرسمن ، دانشکده بهداشت و پزشکی گرمسیری لندن ؛ گروه نظارت و اپیدمیولوژی فرماندهی حوادث ، گروه بهداشت و بهداشت روانی ، شهر نیویورک ؛ آزمایشگاه بهداشت عمومی شهر نیویورک ؛ گروه ویژه اپیدمیولوژی ، CDC ؛ یان لی ، وانگ هایبین ، ژانگ جینگ ، مرکز ملی ایمن سازی و بیماری های تنفسی ، مرکز کنترل بیماری ها ؛ امیلی ابرناکی ، رایدر اندرسون ، بتینا بانکمپ ، ملیسا گالووی ، جیمز گراتسیانو ، جین جیمین ، آه شلی کونداس ، کریستوفر لی ، رد راجرز ، پیتون اسمیت ، ربکا تیلر ، Zachary Weiner ، Adam Wharton ، Whit ، Whit ، Covid-19 آزمایشگاه ؛ دانیل آلوارادو ، ماریا بالون ، Johora Choudhury ، Bright Varghese ، گروه پاتولوژی و آزمایشگاه بالینی ، نیویورک-پروتستان / منهتن سفلی.



1 سیستم نظارت و اپیدمیولوژی سیستم فرماندهی حوادث بهداشتی و بهداشت روان شهر نیویورک ؛ 2 مرکز اطلاعات کنترل و پیشگیری از بیماری ها اپیدمیولوژی ؛ 3 آزمایشگاه بهداشت عمومی وزارت بهداشت و بهداشت روان شهرستان نیویورک ؛ 4 مرکز ملی برای پیشگیری و پیشگیری از بیماری ها مرکز ایمن سازی و بیماریهای تنفسی گروه بیماریهای ویروسی ؛ 5 بخش آسیب شناسی ، دانشکده پزشکی آلبرت اینشتین ، مرکز پزشکی مونتفیور ، برانکس ، نیویورک ؛ 6 بخش عفونت ، دانشکده پزشکی آلبرت انیشتین ، مرکز پزشکی مونتفیور ، برانکس ، نیویورک گروه بیماری ها ؛ 7 بخش پاتولوژی و پزشکی آزمایشگاهی ، بیمارستان نیویورک ، بیمارستان لانگن ، بروکلین ، نیویورک ؛ 8 بهداشت شهر نیویورک + بیمارستان / بلوی ، نیویورک ؛ 9 دانشکده پزشکی نیویورک ویل کرنل ، گروه بیماری های عفونی ؛ 10 ویر ویرایش آسیب شناسی و پزشکی آزمایشگاهی ، کالج پزشکی کورنل ، نیویورک ؛ 11 کوئینز نیویورک-پروتستان ، فلوشینگ ، نیویورک.